Ich kenn sowas ähnliches nur von Oblivion. Löcher in der Wasseroberfläche,
die auftauchen wenn man in den .ini's an der Sichtweite der Detailtexturen und Meshes rumspielt.
Hast du selbst Einstellungen in den .ini-Dateien vorgenommen oder irgendwelche Grafikmods installiert?
Wenn ja, würd ich bei letzteren mal alle deaktivieren und, falls der Fehler dann nicht mehr auftaucht, nach und nach wieder anschalten um nachzusehen welche Mod das Problem verursacht.
Auch verschiedene Grafikeinstellungen könntest du testen. Die Gamebryo-Engine ist extrem anfällig für alle erdenklichen Fehler, die praktisch überall herkommen könnten - von Mods in verschiedenen Kombinationen, suboptimaler Loadorder, Probleme mit mancher Hardware oder Grafikeinstellungen.