Ich war nur mit Dogmeat in Vault 112. Nachdem ich aus der Tranquility Lane wieder raus bin, musste ich den erst wieder ansprechen, damit er mitkommt. Ich glaube daher, dass die Begleiter automatisch einen "warte hier"-Befehl bekommen, wenn man in die virtuelle Welt betritt. Ich vermute also, ihr habt die Begleiter einfach da stehen lassen. Keine Ahnung ob die dann dableiben oder irgendwann wieder an ihrem Ursprungsort auftauchen.
Nach Vault 87 werden die Begleiter wie Force schon sagte ebenfalls wieder an ihre ursprünglichen Orte gebeamt. Außer Dogmeat. Der wartet vor Vault 101.